河海学院拥有1个国家级研发平台——国家内河航道整治工程技术研究中心,11个省部级研发平台:水利水运工程教育部重点实验室、长江航运工程与智能航道技术省部共建协同创新中心、生态航道重庆市重点实验室、水工建筑物健康诊断技术重庆市高校工程研究中心、山区公路水运交通地质减灾重庆市高校重点实验室、环境水利工程重庆市工程实验室、重庆市桥梁通航安全与防撞工程技术研究中心、重庆市航运工程技术研究中心、交通运输行业创新人才培养示范基地等,以及重庆市水利水运实验教学示范中心。
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