中心经过多年的实验教学改革和探索，结合我校水利学科的特点，建立了面向全校港口航道与海岸工程、水利水电工程专业、给排水工程等18个专业本科生的实验教学平台，在实验教学体系设计上，仿真实验与物模实验相结合，基础实验与工程实验相辅相成，构建了“基础训练”、“专业技能”、“创新能力”和“工程实践”四个层次的实验教学体系，按照其功能不同划分为七个模块，与之相匹配，对相关的教学实验室进行了整合。其中，水力学实验室负责对全校学生水利知识的基础训练，激发学生的学习兴趣和探索渴望；专业基础层次和专业层次的实验教学则按不同的专业实验模块分别由港口工程实验室、港工结构实验室、航道整治实验室、渠化工程实验室和水利水电实验室负责，仿真实验室专门负责中心数值模拟仿真实验教学。

中心实验课程的各层次、各模块实验项目比例合理，基础实验、专业实验、能力拓展实验及工程实践平台相对独立又紧密联系，形成有机整体。其中专业基础实验以课程实验教学为主，重点培养学生的专业基础技能；专业实验以综合设计型实验项目为主，旨在培养学生专业知识综合能力和实际动手能力；能力拓展实验主要培养学生的个人兴趣、积累创新信息资源和激发学生创新意识；以专业实习、生产实践为主的工程实践活动，结合工程中的实际问题展开，拓展和延伸教学实践内容。

中心实验项目设置上体现出山区河流、三峡库区以及长江黄金水道水利水运工程建设等特色，如重庆地处长江黄金水道，长江及其支流的航道治理是保障长江航运能力的重要手段，中心针对性的开设了“过渡浅滩整治实验”、“急流滩整治实验”、“交错浅滩整治实验”等实验项目，以强化学生对航道整治知识的学习和掌握。又如三峡成库后，由于水位上升，地质灾害发生率增加，中心根据学生要求开设了创新实验项目“库岸塌岸实验”，使学生掌握了地质灾害形成及治理的相关知识。