重庆交通大学水利水运实验教学中心是我国主要的水利水运工程人才培养和科学研究基地之一，2011年评为重庆市实验教学示范中心。中心是交通部“七五”期间重点建设的专业实验室，2000年评为重庆市重点实验室，以中心为基础，2004年、2007年和2011年分别申报获批重庆市航运工程技术研究中心、教育部水利水运重点实验室和国家内河航道整治工程技术研究中心。